未来五年是我市新世纪发展中承前启后的关键时期。根据市委、市政府的要求和战略部署，我市要在这一时期持续保持和提升跨越发展的良好态势，完成全面建设小康社会的历史任务，加快朝着基本实现现代化的战略目标迈进，实现南通经济社会发展的新跨越。按照中共南通市第九届委员会第七次全体会议精神，制定出“十一五”时期我市财政改革和发展的指导思想，奋斗目标。
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻落实党的十六大、十六届五中全会和省委十届九次全会精神，以科学发展观统领财政工作全局，按照“依托江海、崛起苏中、融入苏南、接轨上海、走向世界、全面小康”的发展思路，实施稳健的财政政策，把支持经济和社会发展摆到财政工作的中心位置，稳步推进财税改革，努力建立稳固、平衡、高效的财政管理体系，加快我市经济建设和各项事业的发展。
以科学发展观统揽全局，有步骤、分阶段地推进财政制度创新，健全财政职能，提高财政管理水平，增强政府的调控能力，努力建立适应社会主义市场经济要求的财政运行机制。正确运用财政政策和财政手段，优化资源配置，调节收入分配，促进国民经济稳定增长和区域经济协调运行；合理确定各级政府之间的财权、事权关系，提高政府调控能力，促进社会公平；在不断转变政府职能的基础上，按照建立公共财政的要求，以满足社会公共需要为目标，不断加大财政支出结构调整力度，建立起合理、规范的财政支出保证机制；积极支持社会保障制度改革，建立资金来源多元化、保障制度规范化、管理服务社会化的社会保障收支体系、管理体系和法制体系；进一步完善预算管理制度、国库集中收付制度和政府采购制度；加强财政法制建设，健全监督检查机制，依法行政、依法理财，不断提高财政管理水平；加强财政规划性，增强对财政收支的科学分析和预测，防范和化解财政风险，保持财政的可持续发展。
“十一五”时期，我市财政收支目标：继续保持财政收入的稳定增长，“十一五”期间，我市地方一般预算收入年均增速超过20%，期末总量超过200亿。“十一五”期间，全市原口径财政总收入增幅力争达到20%左右。至“十一五”期末，全市原口径财政总收入力争达到500亿，占GDP的比重达到14%以上。按照量入为出的原则，不断调整财政支出结构，合理安排各项支出。地方财政支出（一般预算支出）年均递增12%。