“十一五”期间预算工作的主要任务：健全公共财政体制，规范财政资金分配行为，全面推行部门预算，监督检查部门预算和收支两条线管理的落实情况，完善预算编制、执行的制衡机制。
加强项目支出预算管理，进一步完善部门预算定额，完善市本级财政支出审批规程。对项目支出预算实行规范滚动管理，探索建立财政预算资金绩效评价体系。到2010年，实现预算编制方法的规范化、科学化，达到财政供给范围明晰，预算内外融合，资金分配规范的要求。完善预算编制、执行的制衡机制，建立预算编制、执行、监督三分离的管理体系。完成部门预算、国库集中收付、政府采购和收支两条线管理改革工作。
“十一五”时期是我市全面建设小康社会、在苏中率先崛起的关键时期。“十一五”时期国内外宏观形势都将发生一系列重大变化，要求社会保障制度更加完善,社会保障的覆盖面更加广泛,保障水平不断提高,社会保障管理工作日益规范,对政府社保的投入进一步加大。
根据党的十六届三中全会《关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》中“加快建设与经济发展水平相适应的社会保障体系”的要求,按照南通提出的“在苏中率先崛起”目标进程,“十一五”时期我市社会保障事业的总体发展目标为:到2010年,各级财政用于社会保障的投入明显加大,优化支出结构，提高社保支出比重，财力进一步向社会保障倾斜，完善社会保障体系。促进全市城乡实现比较充分的就业,社会保险制度进一步完善,城乡低保社会救助制度逐步健全,各类保障对象的保障水平稳步提高,社会保障信息网络比较完备,公共医疗卫生服务体系更加巩固,抚恤救济制度日趋规范,独立于企业事业单位之外,资金来源多元化、保障制度规范化、管理服务社会化的社会保障体系基本建立。
为实现我市社会保障事业的总体发展目标，财政从政策上、资金上给予有力的支持和保证。根据财力可能，逐步提高社保支出在财政总支出中的比例，确保各类社会保障对象按时足额的领取各项补助，为经济改革和结构调整创造稳定的社会环境。
“十一五”期间我市财政信息化建设（金财工程）工作总的思路是：整合各个业务系统，构建财政管理统一的业务应用支撑平台，建成功能完善的“金财工程”；加强办公化自动化建设，实现与政府电子政务公文交换平台对接；进一步强化网络安全建设与规范管理，为财政业务工作提供强有力的技术保障。
财政国库集中收付改革是构建公共财政框架的重要内容，是财政管理与国际接轨的必然要求，也是一项系统和复杂的工程。在改革取得初步成效的基础上，进一步加强调研，注重总结与提高，用科学发展观来指导改革实践，通过努力完善制度办法，健全制约机制，促进改革工作沿着规范、高效的轨迹顺利向前推进，促进财政管理水平日益提高，促进政府理财不断开创规范化、科学化的新局面。
“十一五”是全面贯彻落实科学发展观的关键时期，也是落实和推进财政监督机制建设的重要时期，全面深化和推进财政监督工作对于促进财政管理、深化财政改革至关重要。“十一五”期间全市财政监督检查工作的指导思想是：以“三个代表”重要思想为指导，用科学发展观统领财政监督工作，按照构建和谐社会的基本要求，以建设符合公共财政管理要求的财政监督体系为目标，建立稳定长效的财政监督机制，切实加强财政收支监督、内部监督和会计监督，全面提升财政监督能力，努力开创财政监督工作的新局面。
“十一五”期间，市财政部门将紧紧围绕市委、市政府提出的加快城市化进程，建设百万人口大城市的目标，保持市级财政每年20亿元左右的城市建设投入（不含区级投资），继续扩大新城区建设，努力做好沿江开发，搞好狼山旅游区建设，进一步扩大南通的对外影响，提升南通城市品位，融入苏南板块，快速接轨上海。
切实加速产业科技化，促进技术创新，推动产业升级，财政科技发展资金要在重视对文化、教育、体育、公共卫生、环境保护和科技普及等社会公益事业领域科技进步引导的同时，更多地向产业技术研究开发活动倾斜。企业是科技创新的主体，把提升产业技术作为增强企业市场竞争能力的第一要素。围绕地方特色产业构建区域性创新体系，重点扶持技术创新、创业平台的建设，扶持符合我市高新技术产业发展规划的技术开发和产业化项目，促进有自主知识产权的科技成果项目的转化与发展。鼓励企业转化高新技术成果，广泛应用实用技术，提高市场竞争力。进一步强化应用高新技术改造提升传统产业的扶持力度，大力促进应用信息技术对传统制造业的带动提升。鼓励企业应用新技术、新工艺、新设计提高传统产品的技术水平和内在质量、改进外观包装。
按照建立公共财政的要求，积极调整财政支出结构，完善教育投入的稳定增长机制，依法保证财政教育经费的“三增长”，同时要保证教育财政拨款的增长高于财政预算支出的增长，逐步提高教育支出占财政支出的比重。
加大财政投入，保证文化事业投入稳定增长，保证有影响的重大群众文化活动的经费投入，保证各级公共图书馆有一定数量的购书经费，保证民族民间文化遗产的抢救保护和开发利用，保证文物保护的经费投入。落实中央关于新增文化事业经费主要用于农村的要求，加大对基层文化设施建设、配套设备等方面的投入，加强对农村文化事业建设的支持力度。
逐年加大对体育科研经费的投入，添置必要的科研仪器和设备，使体育科研在选苗、训练、恢复和防病防治上为基层一线训练服务；进一步改善训练条件，加大对训练的经费投入，逐步提高运动员伙食补助经费标准，保证必要的器材购置经费。
在保证政府投入的同时，积极引入市场机制，提倡和鼓励多渠道、多层次兴办运动队、开展业余训练和筹集办赛经费。积极推行体育俱乐部制、项目招标制和经营性体育场馆综合承包制等等，支持和促进社会团体、民间组织和公民个人依法兴办体育产业，发展体育事业。
“十一五”期间，我市农业财政工作总体思路是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，紧紧围绕全面建设小康社会的目标，坚持公共财政的服务理念，稳定、完善和强化各项支农政策措施，加大财政支农力度，建立财政支农投入长效机制，加强农业基础设施建设，改善农业生产条件，加速农业和农村经济结构调整，提高农业综合生产能力和农业综合效益，增加农民收入，促进农业、农村经济的可持续发展。